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兩人感情在經歷一段時間相處之後，慢慢地進入穩定期，但最大的考驗則是迎面而來的畢業與升學考試，不僅兩人在校園內相處的日子將逐漸減少，必須盡可能把時間用來複習課業的佐佐木，也將使兩人見面的機會變得更少得可憐。體貼的宮野於是加倍珍惜兩人能夠一起上學的短暫時光，分享生活中的各項點點滴滴，感受到兩人溫馨、甜蜜又熱情洋溢的最後高中生活。...

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面對父親‧北斗因敵人突襲而失蹤，隼人無法隱藏自己的不安。此時在他面前出現的，竟是超越時空而至、只有九歲的北斗！被光粒子包圍著穿越而來的「少年北斗」，為了保護地球及回去原來的世界，決意成為集結最新技術完成的「新幹線戰士 ALFA-X」之駕駛員。集合兩人的意志，由北海道分部、山形分部、大宮分部、名古屋分部、京都分部、門司分部聯手組成的「新幹線戰隊」亦挺身而出，一起對抗宇宙最強的敵人！ 到底「新幹線戰隊」能否守護日本的和平與安全？ 隼人又可否與父親‧北斗重逢！？...

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